A disciplina de Educação Moral e Religiosa (EMR) não é de inscrição obrigatória, contudo, depois de inscritos os alunos, não é possível anular a inscrição na disciplina. Nos anos onde há lugar à renovação automática da matrícula (transição para os 2.º, 3.º, 4.º, 6.º, 8.º, 9.º anos), caso o EE pretenda alteração a situação de inscrição a EMR, deve dirigir-se aos Serviços Administrativos até dia 01 de julho para proceder à alteração.

No caso do encarregado de educação não ter equipamento informático ou acesso à internet, deverá dirigir-se aos Serviços Administrativos do Agrupamento entre as 09h00 às 12h00, e das 14h00 às 16h30 para realizar o processo. Deverá fazer-se acompanhar do cartão de cidadão do aluno e do encarregado de educação, da declaração da segurança social de abono de família com a data atualizada (se trouxer o cartão de cidadão em fotocópia, tem de apresentar um comprovativo de morada (fatura da água, luz, etc.)).

É de caráter obrigatório a indicação de 5 estabelecimentos de educação e/ou de ensino para efeitos de matricula e/ou transferência.